قاوم شعب تركستان الشرقية الاحتلال الصيني لما يقرب من قرن، وفي عام 1865، تحت قيادة يعقوب خان، نجحوا في طرد القوات الصينية من تركستان الشرقية وأسسوا إمارة كاشغر.و تم إرسال الذخيرة والمساعدات العسكرية من الدولة العثمانية إلى إمارة كاشغار، المعروفة أيضًا باسم كاشغاريا.

في عام 1877، أطلق الجيش الصيني في الميدان الروسي عملية ثانية لغزو تركستان الشرقية. مستفيدًا من الصراع على السلطة الذي حدث بعد وفاة يعقوب خان عام 1877، الجيش الصيني احتل تركستان الشرقية بكاملها في وقت قصير. في عام 1881، مع توقيع معاهدة إيلي بين روسيا والصين، تركت تركستان الشرقية للإدارة الصينية، وفي عام 1882، سميت تركستان الشرقية باسم "شينجيانغ" ، وهو يعني "أرض جديد".

في عام 1884، تم تشهير تركستان الشرقية كمقاطعة في الصين. بعد انهيار إمبراطورية مانشو عام 1911، أصبحت تركستان الشرقية منطقة يحكمها محاربون صينيون. بدأت الثورة مرة أخرى في عام 1931 في تركستان الشرقية وتأسست جمهورية تركستان الشرقية الإسلامية في كاشغر في عام 1933.

ومع ذلك، تم تدمير هذه الجمهورية بشكل دموي في فبراير 1934 من قبل القائد العسكري الصيني شينغ شيساي (1894-1970) بدعم من الوحدات العسكرية التي أرسلتها إدارة ستالين (1878-1953) إلى المنطقة.

ارتكب شينغ شيساي مجازر بحق شعب تركستان الشرقية، لا سيما مؤسسو وعلماء ومفكرو الجمهورية الإسلامية بين عامي 1937 و 1941.

استمرت الانتفاضات، وتم إقامة و إشهار جمهورية تركستان الشرقية في غولجا في نوفمبر 1944. ومع ذلك، كانت روسيا السوفيتية والصين من بين الدول المنتصرة في الحرب العالمية الثانية وبسبب تدخل إدارة ستالين، جمهورية تركستان الشرقية تم إلغاؤها في عام 1949 من خلال احتلال الحزب الشيوعي الصيني.

على الرغم من أن الإدارة الصينية عام 1955 أعلنت أنها أعطت الحكم الذاتي لتركستان الشرقية على الورق، إلا أنها واصلت نظام القهر والخوف دون فرض قانون الحكم الذاتي.

منذ عام 1949، تم تسمية تركستان الشرقية منطقة شينجيانغ أويغور ذاتية الحكم (XUAR) في جمهورية الصين الشعبية.