Doğu Türkistan halkı yaklaşık bir asır boyunca Çin işgaline direndi ve 1865 yılında Yakup Han önderliğinde Çin kuvvetlerini Doğu Türkistan'dan kovmayı başardı ve Kaşgar Emirliği'ni kurdu. Osmanlı devletinden mühimmat ve askeri yardım Kaşgarya olarak da bilinen Kaşgar Emirliği'ne gönderildi.

1877 yılında Rusya sahasındaki Çin ordusu Doğu Türkistan'ı işgal etmek için ikinci bir harekât başlattı. Yakup Han'ın 1877'de ölümünden sonra yaşanan iktidar mücadelesinden yararlanan Çin ordusu kısa sürede tüm Doğu Türkistan'ı işgal etti. 1881 yılında Rusya ile Çin arasında İli Antlaşması'nın imzalanmasıyla Doğu Türkistan Çin yönetimine bırakıldı ve 1882 yılında Doğu Türkistan'a 'yeni toprak' anlamına gelen Sincan adı verildi.

1884 yılında Doğu Türkistan Çin'in bir eyaleti ilan edildi. Mançu hanedanlığı 1911'de yıkıldıktan sonra Doğu Türkistan, Çinli militanların yönettiği bir bölge haline geldi. 1931'de Doğu Türkistan'da yeniden devrimler başladı ve 1933'te Kaşgar'da Doğu Türkistan İslam Cumhuriyeti kuruldu.

Ancak kurulan bu Cumhuriyet, Şubat 1934'te Çin militan şefi Sheng Shicai (1894-1970) tarafından Stalin (1878-1953) yönetiminin bölgeye gönderdiği askeri birliklerin desteğiyle kanlı bir şekilde yıkıldı.

Sheng Shicai, 1937 ve 1941 yıllarında Doğu Türkistan halkına, özellikle İslam Cumhuriyeti'nin kurucularına, alimlerine ve aydınlarına karşı katliamlar gerçekleştirdi.

Ayaklanmalar devam etti ve Kasım 1944'te Ghulja'da Doğu Türkistan Cumhuriyeti ilan edildi. Ancak Sovyet Rusya ve Çin'in İkinci Dünya Savaşı'nda galip devletler arasında olması ve Stalin yönetiminin müdahalesi nedeniyle Doğu Türkistan Cumhuriyeti, 1949 yılında Çin Komünist Partisi'nin işgaliyle ortadan kaldırıldı.

Çin yönetimi 1955 yılında Doğu Türkistan'a kağıt üzerinde özerklik verdiğini ilan etmesine rağmen özerklik yasasını zorlamadan baskı ve korku rejimini sürdürdü.

Doğu Türkistan, 1949'dan beri Çin Halk Cumhuriyeti'nin Sincan Uygur Özerk Bölgesi (XUAR) olarak adlandırılmaktadır.