Günümüzdeki Doğu Türkistan bölgesi, Hun ve Büyük Göktürk devletlerinin hudutları içerisinde olup, Uygurların ataları daha sonraki tarihi süreçler içerisinde bu bölgede Uygur Devleti (740-840), Turfan Uygur Devleti (991-1211) ve İslamiyet’ten sonra önemli bir kısmı bu bölgede olan ilk Müslüman Türk devleti olan Karahanlılar (840-1212) gibi devletleri kurmayı başarmıştır. Sonraki yüzyıllar boyunca da devletlerin kurulup yıkıldığı ve tarihi olayların yaşandığı bu bölge, Çinliler tarafından 1877’de işgal edilmiştir. 1882’de Doğu Türkistan adı Xinjiang (yeni ele geçirilmiş toprak) olarak değiştirilirken 1884’te Xinjiang eyalet statüsüne getirildi.

1933’te Kaşgar merkezli Doğu Türkistan İslam Cumhuriyeti ve 1944’te Gulca merkezli Doğu Türkistan Cumhuriyeti kuruldu ve böylelikle Doğu Türkistan iki kere bağımsızlığını ilan etmiş oldu. Çin işgaline karşı devam eden ayaklanmalar da kanlı bir biçimde bastırıldı.